民間傳說五府千歲是玉帝所敕封的王爺，最主要的任務在稽察人間善惡，
所以叫做「代天巡狩」，所駐的王府就叫做「代天府」，正門廟額上的「南鯤鯓代天府」旨牌就是根據這個說法而來。旨牌作三龍木刻，立於「雙龍護 (拜) 塔」石刻的門楣上，運筆蒼勁，雕技精湛。自開山以來即高聳代天府，是本府最重要的文物之一。